В целом бостон терьер здоровая порода собак, однако чаще всего у этих собак встречаются следующие болезни:
    - Рак тучных клеток (мастоцитома)
    - Брахицефальный синдром
    - Гиперадренокортизм (болезнь Аддисона)
    - Крипторхизм (не опущение яичек)
    - Атопия
    - Катаракта
    - Врожденная глухота
Кроме того, нечасто, но встречаются такие болезни как:
    - Врожденный вывих локтя
    - Меланома 
    - Гидроцефалия (водянка головного мозга)
    - Пилоростеноз
    - Краниомандибулярная остеопатия
Так же бостон терьеры склонны к демодекозу и опухолям головного мозга.
Примечание: Бостон терьеры часто храпят.